Trên Earth-65, mười sáu tháng sau khi máy va chạm Alchemax bị phá hủy,[lower-alpha 1] Gwen Stacy đang đấu tranh để đáp ứng kỳ vọng của người cha cảnh sát của cô, người không biết rằng cô là Spider-Woman. Nhiều năm trước, Gwen đã vô tình giết chết người bạn thân nhất của cô ấy Peter Parker trong khi anh ta đang nổi cơn thịnh nộ với tư cách là Thằn lằn, và cảnh sát đã truy lùng cô ấy kể từ đó. Một đêm, Gwen đến Bảo tàng Guggenheim ở Manhattan sau khi nghe báo cáo về một kẻ đột nhập, chỉ để tình cờ gặp một phiên bản của Vulture đến từ vũ trụ thay thế theo chủ đề Phục hưng. Người Nhện Miguel O'Hara và Jessica Drew đến bằng cách sử dụng đồng hồ tạo cổng thông tin và giúp Gwen khuất phục Kền kền. Gwen đối mặt với cha cô tại hiện trường và tiết lộ danh tính của cô cho ông. Quẫn trí trước tiết lộ này, anh ta định bắt cô. Cô trốn thoát qua một cổng không gian cùng với những người khác sau khi O'Hara miễn cưỡng cho phép cô trở thành thành viên của Spider-Society.

Ở Brooklyn trên Earth-1610, Miles Morales đang thích nghi để trở thành Người nhện trong khi nhớ Gwen và đấu tranh để sống theo kỳ vọng của cha mẹ mình. Trong khi đi đến buổi đánh giá giữa phụ huynh và giáo viên, anh gặp Spot, một nhà khoa học có cơ thể được truyền các cổng thông tin sau vụ nổ máy va chạm Alchemax.[lower-alpha 1] Đổ lỗi cho Miles về tình trạng tiến thoái lưỡng nan của mình, Spot đưa Miles đến gặp Alchemax. Sau đó, anh ta vô tình đưa mình vào một khoảng không, nơi anh ta học cách du hành đến các vũ trụ khác có chứa máy va chạm Alchemax để anh ta có thể sử dụng chúng để trao quyền cho bản thân.

Gwen du hành đến Earth-1610 và kết nối lại với Miles, mặc dù cô đang bí mật theo dõi Spot qua các chiều không gian. Miles bí mật theo dõi Gwen lần theo dấu vết của anh, sau đó Drew chỉ định Gwen bỏ Miles lại. Gwen mở một cánh cổng, Miles sẽ đi theo đến Mumbattan trên Earth-50101. Họ chạm trán với Người Nhện Pavitr Prabhakar và Hobie Brown trước khi đối đầu với Spot, kẻ đã hấp thụ thành công sức mạnh của cỗ máy va chạm của thế giới đó. Miles bị ấn tượng bởi hình ảnh cha mình chết dưới tay Spot trước khi Spot trốn thoát. Trong vụ phá hủy máy va chạm sau đó, Miles đã cứu được một đại úy cảnh sát, cha của bạn gái Prabhakar. Tuy nhiên, Mumbattan sau đó bắt đầu tan rã do "sự kiện tiêu chuẩn" bị gián đoạn. Các thành viên của Spider-Society đến để đánh giá thiệt hại của sự bất thường về chiều không gian, trong khi Miles, Gwen, Prabhakar và Brown được gửi đến trụ sở chính của họ trên Earth-928, nơi hàng trăm biến thể Người Nhện cư trú trong một khu phức hợp lớn. Họ gặp O'Hara và có sự tham gia của Peter B. Parker và con gái Mayday của anh ấy. O'Hara giải thích cách mỗi câu chuyện của Người Nhện chứa đựng "các sự kiện tiêu chuẩn", chẳng hạn như cái chết của một đội trưởng cảnh sát và việc lạc khỏi những sự kiện đó sẽ đe dọa kết cấu của đa vũ trụ.

Miles nhận ra rằng cái chết của cha mình là một sự kiện tiêu chuẩn. Anh tranh luận với O'Hara, người đã bỏ tù anh. Tuy nhiên, Brown đã giúp Miles thoát ra, sau đó sử dụng một cánh cổng để thoát khỏi Hội. O'Hara ra lệnh cho tất cả Người Nhện bắt Miles, dẫn đến một cuộc rượt đuổi dài xuyên suốt khu phức hợp. O'Hara cuối cùng đã ghim Miles xuống và nói với anh ta rằng anh ta không bao giờ được phép trở thành Người Nhện, vì con nhện đã cắn anh ta đến từ một vũ trụ khác, khiến Miles trở thành dị thường ban đầu và khiến thế giới đó không có Người Nhện. Miles chạy trốn và với sự trợ giúp của Spider-Byte Margo Kess, trở lại nơi mà anh ấy tin là chiều không gian quê hương của mình. Coi Gwen phải chịu trách nhiệm, O'Hara đuổi cô ra khỏi Spider-Society và đưa cô trở lại vũ trụ của mình. Gwen làm hòa với cha cô, người đã quyết định từ chức đội trưởng cảnh sát. Nhận thấy rằng việc từ chức của mình là bằng chứng cho thấy sự kiện tiêu chuẩn có thể bị vi phạm một cách an toàn, Gwen quyết định hỗ trợ Miles, để lại Earth-65 với một chiếc đồng hồ cổng chiến lợi phẩm mà Brown để lại cho cha cô.

Khi Miles trở lại căn hộ của mình, anh tiết lộ với mẹ rằng anh là Người Nhện, người mà bà không nhận ra. Sau khi chạm trán với người chú đã khuất của mình Aaron Davis và biết rằng cha mình đã qua đời, Miles nhận ra rằng mình đang ở Earth-42, thế giới quê hương của con nhện đã cắn anh. Aaron thẩm vấn Miles và sớm được tham gia bởi Miles của Earth-42, người đã trở thành Prowler. O'Hara, Drew và Ben Reilly du hành đến Earth-1610 để tìm kiếm Miles ngay khi Spot đến và bắt đầu cuộc tấn công của mình. Sau khi nói chuyện với cha mẹ của Miles trên Earth-1610, Gwen tập hợp một đội bao gồm Peter B., Mayday, Prabhakar, Brown, Kess, Spider-Man Noir, Peni Parker, và Spider-Ham, để tìm Miles.